故事主角進藤光一開始是個小學生，在去爺爺傢玩耍的時候他發現瞭一塊有著血跡的棋盤，奇怪的是別人竟然都看不見那快血跡，就在他驚訝的時候他的面前出現瞭一個溫文而雅的自稱叫做藤原佐為的鬼魂。原來在平安時代，佐為是當時的圍棋國手天天陪著主公下棋，但是在一次圍棋比賽中他被殲人陷害不僅失去瞭比賽勝利而且還被名譽誣陷趕出瞭京城，心灰意懶又無求生本領的佐為氣憤之下投合自盡，但是由於他實在太想成為天下第一…… 唸小六的進藤光，某天在爺爺傢裡翻出一個舊棋盤，就在那瞬間，寄居在棋盤裡的天才棋士，藤原佐為的靈魂，跑進光仔的意識裡。光仔受到熱愛圍棋的佐為薰陶，加上認識瞭名人的兒子，天才少年塔矢亮，由此漸漸對圍棋產生興趣。 《棋魂》甫出中文版便成為新聞群組的談論焦點，其獨特之處是：不懂得圍棋的讀者，一樣看得津津有味，感受到臨陣對壘的壓迫感和趣味性！看到進藤光和佐為玩圍棋玩得那麼開心，叫人按不住也想一嘗箇中樂趣，有不少讀者現在已玩起圍棋來呢！
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